WordPressのショートコードをPHPのテンプレートファイル内で使用するには

ワードプレスのテンプレートファイル内（PHP）で使用するには、「do_shortcode」 で用いることで使用可能です。

echo do_shortcode( '[contact-form-7 id="1234" title="Contact form 1"]' ); 

といった形になります。
do_shortcodeで指定しているカッコ内のショートコードが実行されます。